Viking Lines historia började 1959, då rederiet Rederi Ab Vikinglinjen grundades av en grupp åländska affärsmän och sjömän. Det första fartyget var SS Viking. Fartyget köptes i Storbritannien och sattes in på rutten mellan Gräddö i Sverige, Mariehamn på Åland och Galtby i Finland.
Konkurrenter som Rederi AB Slite från Gotland och Rederi Ab Ålandsfärjan kom tidigt in på marknaden. Den ökande konkurrensen ledde till att det gemensamma försäljningsbolaget Viking Line bildades 1966 och Rederi Ab Vikinglinjen döptes om till Rederi Ab Solstad. Samarbetet gjorde det möjligt för de inblandade företagen att samla sina resurser och bedriva en effektivare verksamhet. Flottan utökades med flera fartyg och servicen förbättrades kontinuerligt för att möta den växande efterfrågan på sjötransporter i Östersjöområdet.
I slutet av 1980-talet genomgick rederiet en svår fas då Rederi AB Sally, en viktig aktieägare i Viking Line, övertogs av Silja Lines ägare och uteslöts ur Viking Line. År 1993 gick Rederi AB Slite, en annan delägare i Viking Line-koncernen, i konkurs på grund av ekonomiska svårigheter som delvis berodde på byggandet av det nya fartyget M/S Europa. Som en följd av detta blev SF Line, som senare bytte namn till Viking Line, ensam ägare till varumärket Viking Line.
I början av 2000-talet hade Viking Line planer på att ta över sin huvudkonkurrent Silja Line, vilket skulle ha stärkt bolagets marknadsposition i Östersjöområdet avsevärt. Projektet misslyckades dock på grund av antitrustproblem, finansiella utmaningar och strukturella svårigheter. I slutändan togs Silja Line inte över av Viking Line 2006, utan av estniska Tallink Grupp. Efter det misslyckade övertagandet fokuserade Viking Line på att stärka sin egen position och sina egna erbjudanden.
Sedan 1990-talet har Viking Line genomgått en rad moderniseringar och expansioner. Bolaget har varit noterat på Helsingforsbörsen sedan 1995 och har kontinuerligt utökat och moderniserat sin flotta. Särskilt anmärkningsvärt är användningen av LNG-drivna fartyg som MS Viking Grace, som är bland de mest miljövänliga i sitt slag. Med en blandning av traditionella och innovativa tjänster har Viking Line befäst sin position i konkurrensen med andra rederier i Östersjöområdet.