Molslinjen har specialiserat sig på att erbjuda snabba förbindelser från Jylland till den danska huvudön Själland och driver två linjer dit: Avgångarna sker från hamnarna i Århus och Ebeltoft på den jylländska Östersjökusten, med Århus som huvudhamn. På Själland anlöps alltid hamnen i Odde längst i nordväst på ön. På dessa två rutter har Molslinjen tre expressfärjor med en kapacitet på över 1000 passagerare och drygt 400 bilar.
Med en hastighet på cirka 60-70 km/h erbjuder dessa snabbfärjor oöverträffade restider på 75 minuter (från Århus till Odden på Själland) och 55 minuter (från Ebeltoft till Odden). Från Odden är det bara drygt 100 kilometer till huvudstaden Köpenhamn. Detta gör färjorna till ett attraktivt alternativ till den nästan 200 kilometer längre vägförbindelsen från Århus till Köpenhamn via ön Fyn och bron över Stora Bält.
Ombord finns cateringmöjligheter med restaurang, cafeteria och lounge samt lekplatser för barn. Det finns inga öppna däck eftersom det är snabbfärjor. Det finns inte heller några hytter ombord på Molslinjens fartyg, eftersom de skulle vara onödiga med tanke på de korta restiderna.
Det finns sju till åtta dagliga förbindelser från Århus på vintern och upp till tolv på sommaren. Rutten Ebeltoft-Odden trafikeras endast en gång per dag på sommaren.
Molslinjen trafikerar också tre linjer från hamnen i Rönne på den danska ön Bornholm i Östersjön under namnet Bornholmslinjen: till Sassnitz på den tyska ön Rügen, till Köge på den danska ön Själland och till Ystad i södra Sverige.