Sammanslagningen av flera små rederier i slutet av 1800-talet gav slutligen upphov till Jadrolinija under efterkrigstiden 1947. Sedan dess har det varit det viktigaste kroatiska färjerederiet och kan se tillbaka på en lång tradition inom linjesjöfart. I början av det kroatiska inbördeskriget på 1990-talet fick bolaget tillfälligt en särskild roll. Jadrolinijas fartyg säkerställde förbindelsen mellan de två separata kroatiska territorierna och räddade omkring 50.000 människor från de militärt ockuperade områdena.
I dag förbinder färjerederiet de mer än 40 bebodda öarna i kroatiska Adriatiska havet med fastlandet och transporterar över 12 miljoner passagerare och 3 miljoner fordon varje år. Internationella förbindelser till Italien ingår också i tidtabellen. Linjernas drift beror på säsong och kan omfatta upp till 600 dagliga avgångar under sommarens högsäsong. Flottan består för närvarande av 54 fartyg, varav några också används för turiständamål. Förutom mer än 70 resebyråer längs den kroatiska kusten driver Jadrolinija utlandsbyråer i många grannländer och andra europeiska stater.
Förutom ett urval av olika hyttkategorier kan gästerna välja mellan ett stort antal restauranger och caféer. Utbudet ombord omfattar också barnhörnor för de yngre gästerna och bekväma fåtöljer som kan användas för avkoppling under långa resor. Jadrolinija ansvarar nu för över 80% av de passagerare och fordon som transporteras inom den kroatiska sjöfarten.