Molslinjen is gespecialiseerd in het aanbieden van snelle verbindingen van Jutland naar het Deense hoofdeiland Seeland en exploiteert daar twee routes: Vertrek vanuit de havens van Aarhus en Ebeltoft aan de Jutlandse Oostzeekust, waarbij Aarhus de belangrijkste haven is. Op Seeland wordt altijd de haven van Odde in het uiterste noordwesten van het eiland aangedaan. Op deze twee routes vaart Molslinjen met drie veerboten met een capaciteit van meer dan 1000 passagiers en ruim 400 auto's.
Met een snelheid van ongeveer 60-70 km/u bieden deze snelle veerboten ongeëvenaarde reistijden van 75 minuten (van Aarhus naar Odden op Seeland) en 55 minuten (van Ebeltoft naar Odden). Vanaf Odden ligt de hoofdstad Kopenhagen op iets meer dan 100 kilometer afstand. Dit maakt de veerboten een aantrekkelijk alternatief voor de bijna 200 kilometer langere wegverbinding van Aarhus naar Kopenhagen via het eiland Funen en de brug over de Grote Belt.
Er zijn horecafaciliteiten aan boord met een restaurant, cafetaria en lounge en speelruimtes voor kinderen. Er zijn geen open dekken omdat dit snelle veerboten zijn. Er zijn ook geen hutten aan boord van de Molslinjen schepen, omdat die gezien de korte reistijden overbodig zouden zijn.
Er zijn zeven tot acht dagelijkse verbindingen vanuit Aarhus in de winter en tot twaalf in de zomer. De route Ebeltoft-Odden wordt in de zomer slechts één keer per dag bevaren.
Molslinjen onderhoudt ook drie routes vanuit de haven van Rönne op het Deense eiland Bornholm in de Oostzee onder de naam Bornholmslinjen: naar Sassnitz op het Duitse eiland Rügen, naar Köge op het Deense eiland Seeland en naar Ystad in Zuid-Zweden.