Il porto di Pythagorio si trova sull'isola greca di Samos e offre collegamenti con le altre 12 isole greche di Fournoi, Lipsi, Leros, Ikaria, Agathonisi, Patmos, Astypalea, Samos, Kos, Kalymnos, Rodi e Arki, nonché con la Turchia. Un totale di 12 rotte sono offerte più volte alla settimana dalle compagnie di navigazione SAOS Ferries, Dodekanisos Seaways, Meander Travel e Makri Travel.
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