La fusione di diverse piccole compagnie di navigazione alla fine del XIX secolo ha dato vita alla Jadrolinija nel dopoguerra, nel 1947. Da allora è la più importante compagnia di traghetti croata e può vantare una lunga tradizione nel settore dei trasporti di linea. All'inizio della guerra di patria croata, negli anni '90, la compagnia ha assunto temporaneamente un ruolo speciale. Le navi di Jadrolinija assicurarono il collegamento tra i due territori croati separati e salvarono circa 50.000 persone dalle aree occupate militarmente.
Oggi, la compagnia di traghetti collega le oltre 40 isole abitate dell'Adriatico croato e la terraferma, trasportando ogni anno oltre 12 milioni di passeggeri e 3 milioni di veicoli. Nell'orario sono inclusi anche collegamenti internazionali con l'Italia. L'operatività delle rotte dipende dalla stagione e può comprendere fino a 600 partenze giornaliere durante il picco estivo. La flotta comprende attualmente 54 navi, alcune delle quali vengono utilizzate anche per scopi turistici. Oltre a più di 70 agenzie di viaggio lungo la costa croata, Jadrolinija gestisce agenzie estere in numerosi Paesi limitrofi e in altri Stati europei.
Oltre a una selezione di diverse categorie di cabine, gli ospiti possono scegliere tra numerosi ristoranti e bar. L'offerta a bordo comprende anche angoli per bambini per gli ospiti più piccoli e comode poltrone che possono essere utilizzate per rilassarsi durante i lunghi viaggi. Jadrolinija è oggi responsabile di oltre l'80% dei passeggeri e dei veicoli trasportati nel trasporto marittimo croato.