Le port de ferry de Pythagorio est situé sur l'île grecque de Samos et offre des liaisons avec les 12 autres îles grecques de Fournoi, Lipsi, Leros, Ikaria, Agathonisi, Patmos, Astypalea, Samos, Kos, Kalymnos, Rhodes et Arki ainsi qu'avec la Turquie. Au total, 12 itinéraires sont proposés plusieurs fois par semaine par les compagnies maritimes SAOS Ferries, Dodekanisos Seaways, Meander Travel et Makri Travel.
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