La Porto Santo Line a été créée en 1989 par le Grupo Sousa, peu avant le rachat de la compagnie maritime Empresa de Navegação Madeirense (ENM) en 1990. Le Grupo Sousa, un groupe d'entreprises privées portugaises, gère d'autres compagnies maritimes en plus de la Porto Santo Line et est actif dans différents domaines tels que la logistique, l'énergie et le tourisme. La motivation principale de la création de Porto Santo Line était de développer le marché des passagers entre Madère et Porto Santo.
L'itinéraire principal de la Porto Santo Line est la liaison entre Funchal, la capitale de Madère, et Porto Santo. La traversée dure généralement 2 heures et 15 minutes et la compagnie propose des horaires réguliers afin de répondre aux besoins des passagers. Pendant les mois d'été, des départs supplémentaires peuvent être proposés afin de répondre à une demande accrue.