Molslinjen está especializada en ofrecer conexiones rápidas desde Jutlandia a la isla principal danesa de Zelanda y opera dos rutas hasta allí: Las salidas se realizan desde los puertos de Aarhus y Ebeltoft, en la costa báltica de Jutlandia, siendo Aarhus el puerto principal. En Zelanda, siempre se hace escala en el puerto de Odde, en el extremo noroeste de la isla. En estas dos rutas, Molslinjen opera tres transbordadores exprés con capacidad para más de 1.000 pasajeros y unos 400 coches.
Estos rápidos transbordadores, que viajan a una velocidad de unos 60-70 km/h, ofrecen tiempos de viaje inigualables de 75 minutos (de Aarhus a Odden en Zelanda) y 55 minutos (de Ebeltoft a Odden). Desde Odden, la capital, Copenhague, está a poco más de 100 kilómetros. Esto convierte a los transbordadores en una atractiva alternativa a la conexión por carretera, casi 200 kilómetros más larga, de Aarhus a Copenhague pasando por la isla de Funen y el puente sobre el Gran Belt.
A bordo hay instalaciones de restauración con restaurante, cafetería y salón, así como zonas de juego para niños. No hay cubiertas abiertas, ya que se trata de transbordadores rápidos. Tampoco hay camarotes a bordo de los buques Molslinjen, ya que serían innecesarios dada la corta duración de los trayectos.
Hay entre siete y ocho conexiones diarias desde Aarhus en invierno y hasta doce en verano. La ruta Ebeltoft-Odden sólo funciona una vez al día en verano.
Molslinjen también opera tres rutas desde el puerto de Rönne, en la isla danesa de Bornholm, en el mar Báltico, con el nombre de Bornholmslinjen: a Sassnitz, en la isla alemana de Rügen, a Köge, en la isla danesa de Zelanda, y a Ystad, en el sur de Suecia.