La fusión de varias pequeñas compañías navieras a finales del siglo XIX acabó dando lugar a Jadrolinija en la posguerra de 1947. Desde entonces, ha sido la compañía croata de transbordadores más importante y cuenta con una larga tradición en el transporte marítimo de línea. Al comienzo de la Guerra Nacional croata, en los años 90, la compañía asumió temporalmente un papel especial. Los buques de Jadrolinija garantizaron la conexión entre los dos territorios croatas separados y rescataron a unas 50.000 personas de las zonas ocupadas militarmente.
Hoy, la compañía de transbordadores conecta las más de 40 islas habitadas del Adriático croata y el continente, transportando más de 12 millones de pasajeros y 3 millones de vehículos al año. Los horarios también incluyen conexiones internacionales con Italia. El funcionamiento de las líneas depende de la temporada y puede incluir hasta 600 salidas diarias durante el pico estival. La flota cuenta actualmente con 54 buques, algunos de los cuales se utilizan también con fines turísticos. Además de más de 70 agencias de viajes a lo largo de la costa croata, Jadrolinija opera agencias extranjeras en numerosos países vecinos y otros estados europeos.
Además de una selección de diferentes categorías de camarotes, los huéspedes pueden elegir entre numerosos restaurantes y cafés-bar. La oferta a bordo también incluye rincones infantiles para los huéspedes más jóvenes y cómodos sillones que pueden utilizarse para relajarse en los viajes largos. En la actualidad, Jadrolinija es responsable de más del 80% de los pasajeros y vehículos transportados en el transporte marítimo croata.