Viking Lines historie begyndte i 1959, da rederiet Rederi Ab Vikinglinjen blev grundlagt af en gruppe ålandske forretningsmænd og søfolk. Det første skib var SS Viking. Skibet blev købt i Storbritannien og blev brugt på ruten mellem Gräddö i Sverige, Mariehamn på Åland og Galtby i Finland.
Konkurrenter som Rederi AB Slite fra Gotland og Rederi Ab Ålandsfärjan kom tidligt ind på markedet. Den stigende konkurrence førte til oprettelsen af det fælles salgsselskab Viking Line i 1966, hvor Rederi Ab Vikinglinjen blev omdøbt til Rederi Ab Solstad. Dette samarbejde gjorde det muligt for de involverede virksomheder at samle deres ressourcer og operere mere effektivt. Flåden blev udvidet med flere skibe, og servicen blev løbende forbedret for at imødekomme den voksende efterspørgsel efter søtransport i Østersøregionen.
I slutningen af 1980'erne gennemgik rederiet en vanskelig fase, da Rederi AB Sally, en vigtig aktionær i Viking Line, blev overtaget af ejerne af Silja Line og udelukket fra Viking Line. I 1993 gik Rederi AB Slite, en anden partner i Viking Line-gruppen, konkurs på grund af økonomiske vanskeligheder, der blandt andet skyldtes byggeriet af det nye skib M/S Europa. Som følge heraf blev SF Line, der senere blev omdøbt til Viking Line, eneejer af Viking Line-brandet.
I begyndelsen af 2000'erne forfulgte Viking Line planer om at overtage sin hovedkonkurrent Silja Line, hvilket ville have styrket selskabets markedsposition i Østersøregionen betydeligt. Projektet mislykkedes dog på grund af antitrust-bekymringer, økonomiske udfordringer og strukturelle vanskeligheder. I sidste ende blev Silja Line ikke overtaget af Viking Line i 2006, men af den estiske Tallink Grupp. Efter den mislykkede overtagelse fokuserede Viking Line på at styrke sin egen position og sine egne tilbud.
Siden 1990'erne har Viking Line gennemgået en række moderniseringer og udvidelser. Selskabet har været noteret på børsen i Helsinki siden 1995 og har løbende udvidet og moderniseret sin flåde. Særligt bemærkelsesværdigt er brugen af LNG-drevne skibe som MS Viking Grace, der er blandt de mest miljøvenlige af sin slags. Med en blanding af traditionelle og innovative tjenester har Viking Line konsolideret sin position i konkurrencen med andre rederier i Østersøregionen.