Molslinjen har specialiseret sig i at tilbyde hurtige forbindelser fra Jylland til den danske hovedø Sjælland og driver to ruter dertil: Der er afgang fra havnene i Aarhus og Ebeltoft på den jyske Østersøkyst, hvor Aarhus er hovedhavn. På Sjælland anløbes altid havnen i Odde i den nordvestlige del af øen. På disse to ruter driver Molslinjen tre hurtigfærger med en kapacitet på over 1000 passagerer og godt 400 biler.
Med hastigheder på omkring 60-70 km/t tilbyder disse hurtigfærger uovertrufne rejsetider på 75 minutter (fra Aarhus til Odden på Sjælland) og 55 minutter (fra Ebeltoft til Odden). Fra Odden er der kun lidt over 100 kilometer til hovedstaden København. Det gør færgerne til et attraktivt alternativ til den næsten 200 kilometer længere vejforbindelse fra Aarhus til København via Fyn og Storebæltsbroen.
Der er cateringfaciliteter om bord med restaurant, cafeteria og lounge samt legeområder for børn. Der er ingen åbne dæk, da der er tale om hurtigfærger. Der er heller ingen kahytter om bord på Molslinjens skibe, da de ville være unødvendige på grund af den korte rejsetid.
Der er syv til otte daglige forbindelser fra Aarhus om vinteren og op til tolv om sommeren. Ruten Ebeltoft-Odden sejles kun en gang om dagen om sommeren.
Molslinjen driver også tre ruter fra havnen i Rönne på den danske ø Bornholm i Østersøen under navnet Bornholmslinjen: til Sassnitz på den tyske ø Rügen, til Köge på den danske ø Sjælland og til Ystad i det sydlige Sverige.