Fusionen af flere små rederier i slutningen af det 19. århundrede gav i sidste ende anledning til Jadrolinija i efterkrigstiden i 1947. Siden da har det været det vigtigste kroatiske færgerederi og kan se tilbage på en lang tradition inden for linjeskibsfart. I begyndelsen af den kroatiske hjemstavnskrig i 1990'erne indtog selskabet midlertidigt en særlig rolle. Jadrolinijas skibe sikrede forbindelsen mellem de to separate kroatiske territorier og reddede omkring 50.000 mennesker fra de militært besatte områder.
I dag forbinder færgeselskabet de mere end 40 beboede øer i den kroatiske del af Adriaterhavet med fastlandet og transporterer over 12 millioner passagerer og 3 millioner køretøjer hvert år. Internationale forbindelser til Italien er også inkluderet i køreplanen. Driften af ruterne afhænger af sæsonen og kan omfatte op til 600 daglige afgange i sommerperioden. Flåden består i øjeblikket af 54 skibe, hvoraf nogle også bruges til turistformål. Ud over mere end 70 rejsebureauer langs den kroatiske kyst driver Jadrolinija udenlandske bureauer i adskillige nabolande og andre europæiske stater.
Ud over et udvalg af forskellige kahytskategorier kan gæsterne vælge mellem adskillige restauranter og caféer. Tilbuddet om bord omfatter også børnehjørner til de yngste gæster og komfortable lænestole, som kan bruges til afslapning på lange rejser. Jadrolinija er nu ansvarlig for over 80 % af de passagerer og køretøjer, der transporteres inden for den kroatiske søtransport.