Igoumenitsa med sine imponerende bjerge i baggrunden er ikke kun et naturskønt sted, men også den største og vigtigste havn i det vestlige Grækenland. Den er et centralt knudepunkt for internationale og nationale færgeforbindelser og håndterer omkring 1,5 millioner passagerer om året.
Havnen er opdelt i to hovedområder: den centrale kaj og den nordlige kaj. Den centrale kaj på byens sydkyst er specialiseret i internationale færgeforbindelser. Herfra afgår færger til italienske havne som Ancona, Venedig, Bari og Brindisi. Denne mole er nem at nå både til fods og i bil, da den er forbundet med Egnatia Odos-motorvejen og ligger tæt på indgangsportene og passagerterminalen.
Den nordlige anløbsbro er til de nationale færgeruter og ligger tæt på centrum af Igoumenitsa. Herfra går de vigtigste færgeforbindelser til de Ioniske Øer, Korfu og Paxos. Med butikker, banker og restauranter i nærheden er det et livligt sted, som er let tilgængeligt via Apostolon Avenue.
Igoumenitsa er en vigtig færgehavn til Italien med regelmæssige afgange hele året. Afhængigt af destinationen tager overfarten mellem 7 og 24 timer, og de fleste overfarter foregår natten over.
For rejsende, der ønsker at udforske de Ioniske Øers skønhed, tilbyder Igoumenitsa regelmæssige overfarter til Korfu og Paxos, hvor overfarten til Korfu kun tager 1,5 time. I sommermånederne er det også muligt at anløbe havnen i Sami på Kefalonia.